Projekti na kojima CIRNT trenutno radi, iz različitih aspekata sagledavaju i/ili doprinose razvoju nacionalnog inovacionog sistema Srbije. Nacionalni, naučnoistraživački projekat se bavi razvojem mehanizama i alata za podršku odlučivanju i upravljanju naučnim i tehnološkim razvojem, Eval-inno razvija regionalne mehanizme za promovisanje i uvođenje evaluacije u naučnoistraživački sistem, Evropska mreža preduzetništva na praktičan način promoviše srpske inovacije na inostranim tržištima i pruža podršku MSP u njihovoj internacionalizaciji.